Untuk mencapai VISI dan MISI sekolah, SMAIT Miftahul Khoir mengembangkan kurikulum terpadu; muatan kurikulum diknas, muatan agama, muatan lokal (kepemipinan dan kewirausahaan).
- Kurikulum Diknas tetap mengacu kepada kurikulum yang ditetapkan departemen pendidikan nasional dengan melakukan pengembangan isinya melalui berbagai kegiatan pendukung. Seperti Sains Day, Nature Research, Pesantren Sains, Studi Lapangan Sains (lihat program).
- Kurikulum Agama, adalah kurikulum yang ditetapkan pihak sekolah untuk memberikan bekalan dasar-dasar dinul Islam dan kekokohan keyakinan terhadap Dinul Islam kepada siswa. Program yang dikembangan dari kurikulum agama seperti Mentoring/Halaqah, Tahsin dan Tahfidz, Pesantren Sain, Qiyamul Lail.
- Kurikulum Muatan Lokal (Kepemimpinan dan Kewirausahaan), adalah muatan kurikulum yang ditetapkan sekolah, untuk memberikan bekalan dasar-dasar kepemimpinan dan kewirausahaankepada siswa agar kelak dapat hidup mandiri dan memberi manfaat bagi yang lain, tumbuh jiwa kepemimpinan dan kewirausahaan.
Konsep Kurikulum Islam Terpadu
Konsep Kurikulum Terpadu tidak hanya sekedar memberi tambahan materi atau muatan dari kurikulum diknas, tetapi muatan tambahan tersebut diaplikasikan dan dikembangkan dalam berbagai program pembelajaran (kokurikuler dan ekstrakurikuler), pembiasaan nilai-nilai ajaran Islam, dan proses penilaian. Contoh keterpaduan dalam program pembelajaran (kokurikuler).